135 локтей ширины двора с севера на юг разбивались следующим образом: на расстоянии 8 локтей от стены были расположены четыре ряда брёвен, занимавших 12,5 локтей, на которых потрошили жертвенных животных. Затем к югу от них стояло восемь столов в два ряда, на которых мыли жертвенных животных (Мишна, Миддот III, 5), четыре локтя свободного пространства, за которым следовала площадь в 24 локтя; здесь к 24 прикреплённым к почве жертвенным кольцам привязывали животных во время заклания. Кольца шли в четыре ряда. От этой площадки отделяли жертвенник 8 локтей свободного пространства, 32 локтя занимал жертвенник, 30 локтей — подъём (кевеш), наклонная плоскость, по которой поднимались на жертвенник. Перед кевеш стояли два стола, а на юго-запад от него находился умывальник.
По Бен-Сире, первосвященник Симон Праведный (Шимон ха-Цаддик) устроил во дворе Храма большой медный бассейн с водой.
Впереди «двора священников» возвышалась эстрада (Духан) в форме трёх каменных ступеней, с верхней священники благословляли народ. Пространство между началом «двора священников» и Притвором Храма равнялось 54 локтям.
На север от второго двора находилась «палата очага» (Бет а-мокед), вдававшаяся в Хель, её часть была отведена под пост для патруля. Над этой обширной палатой высился купол; с нею же сообщались четыре небольших покоя. В одном содержались жертвенные агнцы, в другом пекли «хлебы предложения», в третьем хранились камни жертвенника, осквернённого греками, в четвёртом — ванная. Деревянная изгородь отделяла священную часть «палаты очага» от мирской в Хель.

Несколько других комнат, построенных под внутренним двором, вели во внешний двор, из них две были отведены для нужд левитов музыкантов, там они упражнялись в своем искусстве. Во внутреннем дворе сверху имелись ещё две комнаты, по обеим сторонам от «ворот Никанора». Направо — комната Пинхаса, хранителя облачений священников, заведовавшего также распорядком службы священников, которые делились на 24 «череды» (мишмарот). Налево помещалась комната пекарей, изготовлявших ежедневно шесть оладий для утреннего и столько же для вечернего жертвоприношения.
По обеим сторонам этого двора помещались шесть палат, по три на север и на юг; на север была помещена каменная палата (Лишкат а-газит), где заседал Синедрион, палата с чаном для питьевой воды и особая палата была предоставлена первосвященнику — «палата советников». На южной стороне были: палата для обмывания жертв, соляная палата, кожевенная палата.

Здание Храма
Согласно книге Ездры (Эзры), Кир повелел, чтобы новый Храм имел 60 локтей в ширину и 60 в высоту (возможно, что и в длину он также имел 60 локтей). Второй Храм был, таким образом, даже больших размеров, чем Первый. Неизвестно, однако, был ли Храм Зоровавеля действительно построен по этому плану. Гекатей характеризует Храм неопределённым выражением «большое здание». Отрывочная заметка в книге Эзры, где говорится о трёх рядах каменных плит и одном ряде «нового дерева», относится не к стенам Храма, а к каменной ограде двора. Возможно, что Второй Храм не был возведён на фундаменте Первого, а располагался на 35 — 50 локтей дальше к северо-западу.
Примечательно, что Второй Храм перекрывал своим сводом пролёт длиной 35 метров, и это за много веков до изобретения подобного типа перекрытия римлянами. К тому же в главной башне Храма существовало ещё три больших арки. Для отделки Храма использовались, так же как и в Первом Храме, кипарис и кедр.
В Святилище (Хейхал), вход в которое был закрыт занавесью, находилась только одна Менора, один Стол хлебов предложения и покрытый золотом Жертвенник воскурения.
Святая святых (Двир), закрытая занавесью, была, по общему мнению, совершенно пуста — на месте Ковчега находился камень, высотой в три пальца. На этот камень первосвященник в Йом Киппур ставил кадильницу.

История Храма Зоровавеля
Организация службы в Храме была в первую очередь заслугой Неемии (Нехемии). Он установил ежегодный налог в треть шекеля на регулярные и праздничные жертвоприношения и обязанность по очереди поставлять дрова для жертвенника. Он также ввел обязательную ежегодную уплату десятины. Тем не менее пророк Малахия рисует весьма плачевную картину: люди уклоняются от уплаты десятины и храмовых приношений, а священники пренебрегают своими обязанностями.
Когда вслед за завоеваниями Александра Македонского Иудея подпала под власть греков (около 332 г. до н. э.), эллинистические цари относились к Храму с уважением и посылали туда богатые дары. В это время первосвященник Симон Праведный (Шимон а-Цаддик) отремонтировал и укрепил Храм, положив основание двойного возвышения вокруг ограды Храма. Особой щедростью отличался сирийский царь Антиох III, жертвовавший для Храма вино, масло, благовония, муку и соль, а также древесину для строительства и ремонта храмовых зданий. Подобно персидским правителям до него, он освободил весь храмовый персонал, включая писцов, от уплаты царских налогов. Селевк IV покрывал из царской казны все расходы на храмовые жертвоприношения, что, однако, не помешало ему попытаться конфисковать храмовые сокровища, когда он стал испытывать финансовые трудности.

Отношение Селевкидских правителей к Храму резко изменилось в правление Антиоха IV Эпифана (175—163 гг. до н. э.). В 169 году до н. э. на обратном пути из Египта он вторгся на территорию Храма и конфисковал драгоценные храмовые сосуды. Два года спустя (167 год до н. э.) он осквернил его, поставив на Жертвенник всесожжения небольшой алтарь Зевса Олимпийского. Храмовая служба была прервана на три года и возобновлена после захвата Иерусалима Иудой (Иехудой) Маккавеем (164 г. до н. э.) во время восстания Маккавеев (167—163 гг. до н. э.). С этого времени храмовая служба велась без перерывов, даже в то время, когда грекам на время удалось овладеть Храмом.
Иуда Маккавей очистил Храм от языческой скверны и отремонтировал его, а также поставил новый Жертвенник всесожжения и изготовил новую утварь для святилища. Ровно через три года после осквернения Храма сирийцами он был освящён, и в нём были возобновлены жертвоприношения и зажигание Меноры. С этим связана история еврейского праздника Ханука, который ежегодно празднуется в память об этих событиях.
Лицевую стену Храма Иуда Маккавей украсил 30 золотыми венцами и щитами и восстановил ворота и кельи, снабдив их новыми дверьми. Он также укрепил гору Сион, окружив Храмовую гору стенами и башнями. Укрепления эти, уничтоженные Антиохом V Евпатором, были потом восстановлены Маккавеем Ионатаном, и ещё увеличены Маккавеем Симоном (Шимоном). Симон также снёс господствовавшую над Храмом крепость Акру, так что Храм стал самым высоким местом в Иерусалиме.

Мятежная попытка народа помешать царю Александру Яннаю в исполнении священнических обязанностей в Храме привела к тому, что на территории Храма была воздвигнута ещё одна деревянная ограда вокруг того места, к которому и раньше имели доступ одни только священники, так что место жертвенника было со всех сторон ограждено.
Впоследствии, Второй Храм постигли новые удары. Когда в 63 году до н. э. Помпей после трёхмесячной осады овладел Иерусалимом, римляне взяли штурмом укреплённый Храм в День Искупления (Йом Киппур), покрыв его дворы многочисленными трупами. Помпей со всей свитой вступил в Святая святых, но не тронул священной утвари и храмовой казны. Несколькими годами позже на пути в Парфию Красс ограбил храмовую сокровищницу, взяв из неё две тысячи талантов серебра.