Congiuntivo passato (так же, как и trapassato) используется для выражения действия, которое произошло раньше, чем действие в главном предложении.
Например, Я думаю (СЕЙЧАС), что они уже вернулись (РАНЬШЕ)
Penso che siano gia' tornati.
Думаю (сейчас), что он продал машину (раньше)
Credo, che abbia gia' venduto la macchina
Разница в Passato и Trapassato.
Нужно посмотреть на главное предложение. Если глагол там стоит в настоящем или будущем времени, то используем Passato. Если в любом из прошедших времен, то Trapassato
Penso che siano gia arrivati (Главное в Presente, значит, берем congiuntivo passato)
Pensavo che fossero gia' arrivati ( Главное в Imperfetto, значит, берем Trapassato)
Так же *Credo che abbia venduto la macchina.
Credevo che avesse venduto la macchina