Петр Францевич Лесгафт родился 8 (20) сентября 1837г. в Санкт-Петербурге в семье ювелира немецкого происхождения, Франца Карловича Лесгафта.
Возможно, что свои первые познания в медицине он получил от своей своей матери, Генриеты Адамовны Лесгафт, поскольку она являлась «повивальной бабкой» и время от времени вызывалась для оказания акушерской помощи рожавшим женщинам. В январе 1848г., после получения первоначального домашнего образования, Лесгафт был определен в первый класс в Петришуле— Главное немецкое училище св. Петра. Но в 1851г. отец решил прервать его обучение и отдал четырнадцатилетнего сына в ученики к знакомому аптекарю. Заканчивал обучение Лесгафт в мужском отделение другого немецкого училища— Анненшуле. В 1861 году Лесгафт заканчивает медико-хирургическую академию и получает серебрянную медаль и звание врача.