Перезимовав в Николаевске-на-Амуре, Б. вернулся в Петербург осенью 1867 года, проделав сухопутное путешествие через всю Россию. За поднесенный императору Александру II альбом из 80 листов акварелей, выполненных во время экспедиции, Ф. Ф. Баганц был награжден званием художника 1-й степени и бриллиантовым перстнем с рубином. Впрочем, это стало одним из последних приятных событий в его жизни. В 1869 году он теряет горячо любимую жену, умершую в родах. Желая отвлечься от своего горя, Б. отправляется в новое морское путешествие, ставшее для него роковым: в сентябре 1871 года его доставляют в Морской госпиталь города Николаевск-на-Амуре со страшным диагнозом: «паралич и слабоумие с редкими прояснениями сознания». Отцу после долгих хлопот, и проволочек удается доставить больного сына в Петербург, где он вскоре умирает - в 1873 году.