Однажды одиннадцать выходцев из Мюнхенского гимнастического общества, в котором футболу не уделялось достаточного внимания, собрались в ресторанчике «Гизела». Там решили основать футбольный клуб. Так 27 февраля 1900 года был основан клуб «Бавария».

Восхождение клуба началось в 1907 году, когда баварцы переехали в Мюнхен.Первый успех Баварии – высшее место в мюнхенском футболе, но первым существенным достижением стало чемпионство в Восточном регионе в 1910 году.
В 1964 году в «Баварию» пришел новый атакующий полузащитник Франц Беккенбауэр. Став одним из лучших игроков мирового футбола, новый полузащитник сделал «Баварию» одной из самых популярных современных команд не только Германии, но и в мире. Сам Франц Беккенбауэр стал президентом футбольного клуба «Бавария» в 1994 году.
В общей сумме с 1957 года «Бавария» тринадцать раз завоевывала Кубок ФРГ, стала четырехкратным чемпионом Кубка европейских чемпионов и обладателем Кубка УЕФА 1996 года.