Эдуард Бухнер родился 20 марта 1860 года в Мюнхене, в семье профессора судебной медицины и гинекологии Мюнхенского университета. Образованием Эдуарда сначала занимался его отец, а затем после его смерти в 1872 году, – старший брат Ганс. В 1877 году Бухнер окончил реальную гимназию в Мюнхене, а затем в течение недолгого времени служил в подразделении полевой артиллерии германской армии. После этого поступил в Мюнхенский технический университет, где стал изучать химию. Начавшиеся финансовые трудности вынудили его бросить учебу. В 1884 году Эдуард при поддержке брата возобновляет занятия в университете. В 1907 году Эдуарду Бухнеру была присуждена Нобелевская премия по химии «за проведенную им научно-исследовательскую работу по биологической химии и открытие внеклеточной ферментации».
Умер 13 августа 1917