В XIII—XIV веках город пережил несколько нашествий: в середине XIII века монголов, в 1304 году армии чешского короля Венцеслава II. Однако город быстро восстановился и на протяжении XIV—XV веков испытывал бурный подъём.



Между 1543 и 1683 город был частью Османской Империи, а резиденция эстергомского архиепископа была перенёсена в Трнаву и Братиславу. Турки разрушили собор, королевский дворец и большинство зданий Эстергома. После освобождения от турок город был практически опустошён и должен был застраиваться и заселяться по-новому. Среди прибывавших поселенцев было много словаков и немцев, но они оказались довольно быстро ассимилированны венгерским населением. В 1708 Эстергом был объявлен королевским свободным городом. В 1869 году закончено строительство базилики св. Адальберта, ставшей самым большим храмом Венгрии.