В 1265 году Белла IV даёт Комарно городские права. В XVI веке во время войн с Османской империей в Комарно строится мощная крепость - Старая Крепость. В XVII веке строится Новая Крепость. Комарно никогда не было взято турками. После прекращения войн c XVIII века Комарно становится одним из самых процветающих городов Австрии. В 1745 году Мария Терезия даёт Комарно права свободного королевского города. В 1870 здесь достраивается современная крепость, одна из важнейших в Австро-Венгрии.

После поражения Австро-Венгрии в Первой мировой войне и её распада в 1918г. согласно Трианонскому договору 1920г. граница между Венгерской республикой и новообразованной Чехословакией прошла по Дунаю.