Первый удар: эпидемия
После трех лет скитаний рабби Исраэль возвратился в Цфат, к своей семье, однако ему и теперь не пришлось насладиться спокойной жизнью.
Несколько месяцев спустя он был вновь вынужден взять в руки посох скитальца, спасаясь, как и все жители Цфата, от эпидемии, охватившей весь город. Рабби Исраэль и его семья отправились пешком из Цфата в Иерусалим, останавливаясь на ночлег в разных городах и селах. О невзгодах и лишениях, которые они испытали в этом нелегком пути, мы узнаем из предисловия к его книге Пеат ѓа-шульхан, где он, кроме прочего, подводит итог своей жизни и описывает страдания, выпавшие на его долю.
Во время эпидемии умерли его жена, четверо из его детей и муж одной из дочерей. Жену он был вынужден похоронить в пути, подобно праотцу Яакову, похоронившему Рахель по дороге в Хеврон:
«В пути умерла краса дома моего, жена моя с юности моей, скромная и богобоязненная… И похоронил я ее в пути, в святом городе Шфараме, да будет он отстроен вскорости, в наши дни. А когда я со своими оставшимися в живых домочадцами достиг святого города Иерусалима, то и там увидел я ужас и тьму, и там смерть посетила дом наш… И я лежал на крыше и плакал, и извивался от страданий, и молил Отца Небесного, а моя маленькая дочка, скромная Шейнделе, лежала больная рядом со мной. И слезы текли из моих глаз от всего, что приключилось со мной, и велико, как море, было страдание мое».
Во время эпидемии, моля Всевышнего о спасении своих родных, рабби Исраэль дал клятву, что если спасется от смерти, то напишет всеобъемлющий труд о трактате Зраим Иерусалимского Талмуда. Это и есть его знаменитый труд Пеат ѓа-шульхан, который повествует о заповедях, связанных с Землей Израиля. Однако по окончании эпидемии рабби Исраэль вновь взвалил на свои плечи заботу об общине, и ему пришлось отсрочить исполнение клятвы на несколько лет.
После окончания эпидемии рабби Исраэль возвратился в Цфат и стал восстанавливать из руин ашкеназскую общину при помощи средств, поступающих из-за границы.