Интересный вопрос, Лара. Вот что пишет по этому поводу рав Элиягу Эссас:

Слово «бен» в переводе с иврита означает - «сын». Например, бен Яаков - это сын Яакова. Иногда (очень редко) слово «бен» произносится как «бин», что связано с гармоничностью мелодики звучания.
Словосочетание «бен чего-то или кого-то», кстати сказать, означает - «созданный», «порожденный» чем-то или кем-то. Такое выражение - бин лайла - мы находим в Танахе (книга Ионы, гл. 4, ст. 10), и переводим его - «(дерево) выросшее за ночь».
Так что, бин Нун или бен Нун - это одно и то же, но мы произносим «бин Нун», потому что именно таким образом это имя записано в Торе и в Танахе.