Возможно, разрешили потому что производство коньяка в Армении (потерял ссылку :-S) началось до того, как термин коньяк был законодательно закреплен как торговая марка -кажется, в 1903 г.

Кстати, судя по этой статье ********ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%BE%D0%BD%D1%8C%D1%8F%D0%BA маркировать бренди бывшего СССР (кроме армянского) как коньяк можно только кириллицей и только в пределах стран СНГ.